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微生物实验室一般由准备室、灭菌室、无菌室、恒温培养室和普通实验室五部分组成。
准备室
准备室用于配制培养基和样品处理等。室内设有试剂柜、存放器具或材料的专柜、实验台、电炉、冰箱和上下水道、电源等。
准备室还要用于洗刷器皿等。室内应备有加热器、蒸锅，洗刷器皿用的盆、桶等，还应有各种瓶刷、去污粉、肥皂、洗衣粉等。
灭菌室
灭菌室主要用于培养基的灭菌和各种器具的灭菌，室内应备有高压蒸汽灭菌器、烘箱等灭菌设备及设施。
无菌室
无菌室也称接种室，是系统接种、纯化菌种等无菌操作的专用实验室。在微生物工作中，菌种的接种移植是一项主要操作，这项操作的特点就是要保证菌种纯种，防止杂菌的污染。在一般环境的空气中，由于存在许多尘埃和杂菌，很易造成污染，对接种工作干扰很大。
无菌室的设置
无菌室应根据既经济又科学的原则来设置。其基本要求有以下几点：
（1）无菌室应有内、外两间，内间是无菌室，外间是缓冲室。房间容积不宜过大，以便于空气灭菌。小内间面积2×2.5＝5m2，外间面积1×2＝2m2，高以2.5m以下为宜，都应有天花板。
（2）内间应当设拉门，以减少空气的波动，门应设在离工作台远的位置上；外间的门好也用拉门，要设在距内间远的位置上。
（3）在分隔内间与外间的墙壁或“隔扇”上，应开一个小窗，作接种过程中必要的内外传递物品的通道，以减少人员进出内间的次数，降低污染程度。小窗宽60cm、高40cm、厚30cm，内外都挂对拉的窗扇。
（4）无菌室容积小而严密，使用一段时间后，室内温度很高，故应设置通气窗。通气窗应设在内室进门处的顶棚上（即离工作台远的位置），好为双层结构，外层为百叶窗，内层可用抽板式窗扇。通气窗可在内室使用后、灭菌前开启，以流通空气。有条件可安装恒温恒湿机。
恒温培养室
1. 培养室的设置
（1）培养室应有内、外两间，内室是培养室，外室是缓冲室。房间容积不宜大，以利于空气灭菌，内室面积在3.2×4.4＝14m2左右，外室面积在3.2×1.8＝6m2左右，高以2.5m左右为宜，都应有天花板。
（2）分隔内室与外室的墙壁上部应设带空气过滤装置的通风口。
（3）为满足微生物对温度的需要，需安装恒温恒湿机。
（4）内外室都应在室中央安装紫外线灯，以供灭菌用。
微生物洁净实验室的标准参考：
1)GB 50073-2013《洁净厂房设计规范》
2)GB/T25915.1-2010《洁净室及相关受控环境第1部分：空气洁净度等级》
3)GB 50687-2011《食品工业洁净用房建筑技术规范》
4)GB 50472-2008《电子工业洁净厂房设计规范》
5)GB 50457-2008《医药工业洁净厂房设计规范》
6)YY 0033-2000《无菌医疗器具生产管理规范》
7)《药品生产质量管理规范（2010年修订）》附录1
8)《医疗器械生产质量管理规范无菌医疗器械实施细则和检查评定标准（试行）》

微生物实验室设计装修五要素：
1.样品的转移和人员流动：实验室区域的分配，首先要考虑工作流程。样品的转移和流通。生物安全因素等。
2.灵活性：实验室设计能否适应未来发展变化的需要是极其重要的。
3.安全性：实验室的设计和尺寸应考虑安全性，满足紧急清除和出口疏散的建筑规则，并根据每个实验室的情况配备安全设备。应急洗眼场所和淋浴间应在距离危险化学试剂30米范围内设置。所有实验室和直接接触污染物的地方都应安装洗脸盆，并在出口设置洗脸盆。洗脸盆应独立使用，不得与污染物处理和实验混合使用。
4.设置烟雾罩和安全设施：任何安全罩应尽量远离出口，以符合远离主通道的有害实验的原则。设计和装饰实验室要求材料防潮。耐腐蚀性。不要失去颜色；需要充分考虑实验室的墙壁。天花板和地面应光滑。易于清洁。没有渗水。耐化学品和消毒剂腐蚀；门窗密封，推拉门，所有实验室无阈值；地面建议使用水磨石或防滑地砖；
5.试验台应防水、耐腐蚀、耐热。实验室边缘平台墙和教师平台配备两组多功能插座，实验台采用储物柜式，台面设计药架，台面设计应考虑实验操作方便，如台面略凹可容纳坐实验者的腿，实验台每1米（或每组）设置两组多功能插座等。实验室家具应牢固，易于清洁，各种家具和设备应保持一定的间隙，应有专门的生物废物容器平台（框架）。
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